Markus Yli-Jokipii on toiminut kuoronjohdon lehtorina Tampereen ammattikorkeakoulussa vuodesta 2012 lähtien. Hän opettaa kuoronjohdon ja orkesterinjohdon lisäksi musiikin historiaa ja johtaa monipuolisesti oopperaa, sinfoniakonsertteja, vanhaa musiikkia ja viihdeohjelmistoakin. 

Tällä hetkellä Yli-Jokipii johtaa vakituisesti Kamarikuoro Näsiä, Suomen kanttorikuoroa sekä vuonna 2015 perustamaansa ammattilaiskuoro Tampere Cappellaa. Lisäksi hän valmentaa TAMK Choral Companyn nuoria taiteilijoita.

Yli-Jokipii perusti vuonna 2008 Kuninkaantien muusikoiden barokkiorkesterin ja kamarikuoron, jonka kapellimestarina hän toimi vuoden 2015 loppuun saakka. Lisäksi hän toimi vuosina 2004–2012 mm. uudelleen perustamansa, perinteikkään Collegium Musicum Turku -orkesterin kapellimestarina ja johti Turun konservatorion kamarikuoroa, Turun yliopiston kuoroa, ja perustamaansa Tritonuksen laulajat -kamarikuoroa.

Yli-Jokipii on menestynyt kuorojensa kanssa kilpailuissa, julkaissut useita levytyksiä, johtanut radiokonsertteja sekä vieraillut Helsingin kamarikuoron, EMO Ensemblen ja Laivaston soittokunnan johtajana.

Yli-Jokipii valmistui musiikin maisteriksi Sibelius-Akatemiasta vuonna 2009 ja filosofian maisteriksi Turun yliopistosta pääaineenaan musiikkitiede. Suomen kuoronjohtajayhdistys valitsi Yli-Jokipiin Vuoden kuoronjohtajaksi 2017.